它的前身可追溯到以下两个机构：一是适塾（又称洋学塾），专攻自然科学。1838年塾主绪方洪庵召集一些门生讲授医学，日本著名思想家福泽渝吉就在这里求学。后来，适塾几经演变成为专门的医学学校。

大正四年（1915）正式使用“医科大学”这一校名，1931年根据“帝国大学令”正式命名为大阪帝国大学，设在医学和理工两部。二是汉学塾（亦称怀德堂），成立于1924年，由商人出资经营，以研究人文科学为主，后成为大阪帝大的法文学部。大阪帝大成立不久，由大阪工业学校发展起来的大阪工业大学也被合并进来，成为后来的工学部、微生物病研究所、产业科学研究所等机构。